雲林縣環境保護局積極進行六輕工業區及周遭土壤及地下水污染調查並建立預警制度，經向行政院環境保護署爭取經費辦理「100年度六輕工業區土壤及地下水污染潛勢調查及查證計畫」，並依據「土壤及地下水污染整治法」第12條規定，分階段完成高污染潛勢區土壤及地下水污染查證作業，作為未來污染管制參考依據。
環保局透過上述計畫，於100年10月至101年8月期間完成六輕廠區內60餘處單位/?區土壤及地下水污染調查之三階段現場勘查調查作業，第一階段為現場勘查及整合廠方相關資料，經過多次研擬及討論，共計篩選出15處土壤及地下水污染潛勢較高廠區進入第二階段，此15處場區經交叉利用各種土壤及地下水污染調查技術進行調查，並依據調查結果進行各方面評估，執行第三階段之污染查證工作。
調查期間，環保局為求爭取改善時效，要求已遭受土壤及地下水污染之列管廠商提出並進行土壤及地下水污染改善應變計畫，環保局將持續輔導及積極主動督促，並掌握污染控制場址整治的情形及進度，以確保民眾的生活環境品質，為避免污染擴及六輕廠區外圍並確保地下水水質狀況；環保局於鄰近六輕廠區周圍五公里內設置地下水監測井，並以新設之監測井與六輕工業區廠內監測井進行地下水採樣檢測，為避免污染藉由雨水排放渠道排出廠區外，針對六輕工業區五大雨水閘門進行底泥採樣分析，確實掌握六輕工業區污染沉積分布狀況。
目前篩選出之15處單位/廠區所調查與評估亦持續進行，後續環保局將透過本計畫查證結果訂定長期且完善之管理策略及作業架構，將六輕工業區對環境造成之危害程度降至最低，並確保土壤及地下水資源的永續利用。