雲林縣政府雖非為開發所在地政府，但國光石化興建後實際影響雲林縣反比所在地更加嚴重，縣政府站在維護縣民健康及農漁業影響，一定要站出來，堅決反對。
蘇治芬縣長表示，依據國光石化模擬設廠營運後將造成台灣地區17個縣市共9個縣市臭氧值合成濃度超過空品標準、懸浮微粒共有12縣市合成濃度超過空品標準。國光石化空氣污染物所致之損害成本每年約100億元，並且將造成雲林縣縣民平均壽命將減少約61天。
蘇治芬縣長指出，台塑六輕火災經過不到半年，各項損害賠償問題尚未完成，目的事業主管機關工業局核定開發後又不管理、發生污染案件後也不協助人民申請補償，且針對台灣所有石化業未完成工安環保總體檢，現在又要核定開發國光石化，無非是視工安意外之污染於無物。雲林縣府在專案小組初審會議中強烈要求工業局必須完成石化政策環評後，再進行六輕五期擴建及國光石化新建案個案環評。
根據雲林縣府的調查，國光石化初期水源來自農業用水每日3萬噸，而中科四期農業用水調撥量為6.5萬噸，已嚴重排擠到農業用水；另自濁水溪剩餘水取水每日約15萬噸，設計之取水為1.8CMS，依環評法規定取水超過2CMS即需環評，開發單位有故意規避環評之嫌。縣府曾經在第三次初審會議中要求國光石化每日排放13萬噸之廢水依環評說明書採三級處理後再利用，減少用水量，結果開發單位竟然回覆修正為未來將符合排放標準。縣府也要求用海水淡化，開發單位回覆因為技術過高、成本過高將再評估，顯示國光石化根本沒有誠意減少水資源之使用。蘇縣長強調，目前濁水溪揚塵已經非常嚴重，雲林縣西螺、二崙、崙背等地區民眾好比『吃飯拌沙』；開發單位又抽取剩餘水，將加重揚塵之影響，未來不僅『吃飯拌沙』，連學生上課都要戴口罩。如果工業局覺得沒關係，希望總統府、行政院搬到西螺，和民眾一起享受工業開發帶來的配菜。
蘇縣長向中央及與會專家學者喊話，請審慎評估興建國光石化的必要性，並表示雲林縣民並非下等公民，已經有一個六輕、現在又要增建一個國光石化，將重工業集聚濁水溪，結果錢賺財團、稅歸中央，留給雲林縣民只是受到嚴重污染的環境、污染影響的農漁業、與日俱增罹癌人口及不斷流失的年輕族群。六輕是國光石化的借鏡，雲林人無法再忍受這樣的日子，也請環保署以及各環評委員本著自身專業，要求主管機關退回本案之開發，不得開發。